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Performances de la réaction en chaîne de la polymérase en temps réel de Candida, du dosage du β-D-glucane et des cultures sanguines dans le diagnostic de la candidose invasive

Contexte La sensibilité des hémocultures pour le diagnostic de la candidose invasive IC est médiocre Méthodes Nous avons réalisé une PCR en temps réel validée Candida en chaîne et le test Fungitell 1,3-β-D-glucan BDG sur des échantillons de sang prélevés chez des patients identifiés = 55 et témoins hospitalisés n = 73 Les patients avec IC avaient une candidémie n = 17, une candidose profonde n = 33, ou les deux n = 5 contrôles avait candidose muqueuse n = 5, colonisation Candida n = 48, ou aucune colonisation connue de Candida n = 20 Résultats La PCR utilisant le plasma ou les sérums était plus sensible que le sang total pour le diagnostic IC P = 008 Plasma ou sérums La PCR était plus sensible que la BDG dans le diagnostic IC 80% vs 56%; P = 03, avec une spécificité comparable 70% contre 73%; P = 31 Les tests étaient similaires dans le diagnostic de la candidémie 59% vs 68%; P = 77, mais la PCR était plus sensible pour la candidose profonde 89% vs 53%; P = 004 PCR et BDG étaient plus sensibles que les hémocultures chez les patients présentant une candidose profonde 88% et 62% vs 17%; P = 0005 et 003, respectivement PCR et culture ont identifié la même espèce Candida chez 82% des patients La sensibilité des cultures sanguines combinées avec PCR ou BDG chez les patients avec IC était de 98% et 79%, respectivementConclusions Candida PCR et, dans une moindre mesure , Les tests BDG ont considérablement amélioré la capacité des hémocultures à diagnostiquer IC

Candidose invasive La CI présente une morbidité et une mortalité significatives En partie, les résultats médiocres proviennent de diagnostics tardifs ou ratés utilisant des cultures de sang et de sites stériles, les tests standard actuels En effet, les hémocultures sont négatives pour les espèces Candida dans environ 50% des cas autopsiés de la candidose disséminée [1-3]; de plus, ils deviennent souvent positifs tard dans l’évolution de la maladie. Les cultures sur site stérile sont en outre limitées par la nécessité d’un prélèvement invasif. En conséquence, il existe un grand intérêt pour le développement de tests diagnostiques rapides et plus sensibles. , 3-β-d-glucane BDG, un constituant majeur des parois cellulaires fongiques, et amplification en chaîne par polymérase amplification PCR de l’ADN de Candida En dépit de leur promesse, aucun des deux tests n’est un standard de pratique clinique La sensibilité d’un dosage commercial pour la quantification BDG Fungitell, Les auteurs de Cape Cod ont varié de 64% à 100% [4-6], et les méthodes de PCR Candida ne sont pas validées. Dans cette étude, nous avons comparé les performances d’un test PCR en temps réel Candida validé par Viracor-IBT Laboratories. aux lignes directrices pertinentes de laboratoire clinique [7], avec le test Fungitell BDG et les cultures de sang pour le diagnostic IC Nous avons inclus des échantillons d’un large éventail de patients avec IC, y compris ceux avec cand idémie, candidémie liée au cathéter et candidose profonde avec ou sans hémocultures positives Pour évaluer rigoureusement la spécificité des dosages, notre groupe témoin était composé en grande partie de patients présentant une candidose muqueuse ou qui avaient été colonisés par Candida dans des sites non stériles.

Méthodes

Nous avons mené une étude prospective de patients au Centre Médical de l’Université de Pittsburgh entre Avril 2009 et Avril 2011 Le sang a été prélevé sur des témoins consentants et les patients avec IC, et des échantillons de sérum ou de plasma ont été conservés à -80 ° C. échantillons L’étude a été approuvée par notre comité d’examen institutionnel

Définitions

Les candidoses invasives comprenaient la candidémie et la candidose profonde [8], définies comme la récupération des espèces de Candida à partir du sang ou d’un site stérile, respectivement. Les contrôles étaient définis comme des patients hospitalisés n’ayant pas de signe clinique ou microbiologique de CI. colonisation avec Candida ont également été inclus comme contrôles La colonisation a été définie comme la récupération des espèces Candida des sites non stériles chez les patients sans symptômes ou signes d’une maladie systémique qui étaient attribuables à la candidose. Le sang et les cultures profondes étaient considérés comme concomitants 5 jours l’un de l’autre Des résultats BDG positifs, indéterminés et négatifs ont été définis comme ≥80, 60 à <80 et <60 pmol / mL, respectivement Candida ont été spéciés en utilisant des méthodes mycologiques standard d'assimilation des hydrates de carbone en utilisant le kit API 20C bioMérieux , Hazelwood, Missouri et morphologie sur gélose à la farine de maïs CHROMagar BD Diagnostics ou autre média différentiel spéculer Candida n'ont pas été utilisés

Test BDG et PCR en temps réel

Des échantillons congelés de plasma et de sérum ont été expédiés pendant une nuit, sur de la neige carbonique, en lots aux laboratoires Viracor-IBT pour des tests BDG et PCR. Des échantillons de sang total ont été envoyés non gelés et traités dans les 24 heures suivant la ponction veineuse. instructions Pour la PCR, l’ADN du sang total, du plasma et du sérum a été extrait à l’aide du kit DNeasy Blood and Tissue Qiagen, Germantown, Maryland Après avoir ajouté un bactériophage de contrôle interne, 500 μL d’échantillon ont été extraits manuellement avec un volume d’élution de 35 μL Un cycle de quantification du seuil de contrôle interne de 37 a été nécessaire pour signaler un résultat négatif. Un contrôle d’extraction positif, un contrôle d’extraction négatif et aucun contrôle de matrice ont été inclus dans chaque analyse PCR pour la conception de tests TaqMan spécifiques en temps réel. Séquences ITS1 et / ou ITS2 pour 4 espèces Candida Candida albicans, Candida glabrata, Candida krusei et Candida tropicalis et 1 complexe d’espèces Candida parapsilosis complexes ont été créés en utilisant le logiciel Geneious Biomatters, Auckland, Nouvelle-Zélande Les amorces ont été conçus pour détecter 2 paires d’espèces albicans C / C tropicalis et C glabrata / C krusei, et C parapsilosis L’ABI 7500 Fast Instrument Applied Biosystems, Carlsbad, La Californie a été utilisée avec un volume réactionnel final de 30 μL en utilisant 10 μL d’ADN matrice. Les efficacités d’amplification, déterminées en utilisant des dilutions 10 fois supérieures à 10 × 1 × 108 copies par réaction, étaient de 993%, 965%, 1025% , 974%, et 987% pour C albicans, C glabrata, C krusei, complexe C parapsilosis, et C tropicalis, respectivement Les spécificités analytiques pour les tests PCR Candida testés avec diverses espèces ciblées Candida, champignons non ciblés, et les bactéries et étaient 100% 7/7, 95% 37/39 et 100% 28/28, respectivement Tableau 1 La sensibilité analytique à l’aide de l’espèce ciblée de Candida était de 100% 7/7

Tableau 1 Champignons et bactéries utilisés pour tester les essais de réaction en chaîne de Candida Polymerase Candida Espèces cibles Fongiques Non-Candida Bactéries C albicans 11 [CA / CT] Absidia corymbifera Acinetobacter baumannii C glabrata 6 [CG / CK] Alternaria alternata Acinetobacter lwoffii C krusei 3 [CG / CK] Aspergillus fumigatus Acromobacter xylosoxidans C métapsilose 2 [CP] Aspergillus clavatus Bordetella parapertussis C orthopsilose 2 [CP] Aspergillus flavus Bordetella pertussis C parapsilose 4 [CP] Aspergillus nidulans Burkholderia cepacia C tropicalis 5 [CA / CT] Aspergillus niger Burkholderia multivorans Aspergillus terreus Chlamydia pneumoniae Candida espèce non ciblée Aspergillus versicolor Clostridium difficile C bracariensis Blastomyces dermatitidis Enterobacter cloacae C dubliniensis Cryptococcus neoformans 3 Enterococcus faecalis C famata Fusarium solani Escherichia coli C guillermondii Irpex lacteus Haemophilus influenzae C inconspicua Mucor circinelloid Haemophilus parainfluenzae C kefyr 2 Mucor indicus Klebsiella pneumoniae C lipolytica Mucor ramosissimus Legionella pneumophila C lusitaniae 3 Pichia pastoris Moraxella catarrhalis C norvegensis Penicillium chrysogenum Mycobacterium tuberculosis C norvegica Penicillium marneffei Neisseria meningitides C pelliculosa Penicillium purpurogenum Proteus mirabilis C rugosa 3 [CG / CK, CP ] Penicillium citrinum Pseudomonas aeruginosa Pseudallescheria boydii Serratia marcescens Rhizopus microsporus Staphylococcus aureus Rhizopus oryzae Staphylococcus epidermidis Rhizopus pusillus Stenotrophomonas maltophila Trichosporon cutaneum 2 [CG / CK] Streptococcus pneumoniae Trichosporon mucoides Streptococcus pyogenes Yersinia enterocolitica Candida espèce cible Fungal non Candida bactéries C albicans 11 [CA / CT] Absidia corymbifera Acinetobacter baumannii C glabrata 6 [CG / CK] Alternaria alternata Acinetobacter lwoffii C krusei 3 [CG / CK] Asperg illus fumigatus Acromobacter xylosoxidans C métapsilose 2 [CP] Aspergillus clavatus Bordetella parapertussis C orthopsilose 2 [CP] Aspergillus flavus Bordetella pertussis C parapsilose 4 [CP] Aspergillus nidulans Burkholderia cepacia C tropicalis 5 [CA / CT] Aspergillus niger Burkholderia multivorans Aspergillus terreus Chlamydia pneumoniae Candida espèce non cible Aspergillus versicolor Clostridium difficile C bracariensis Blastomyces dermatitidis Enterobacter cloacae C dubliniensis Cryptococcus neoformans 3 Enterococcus faecalis C famata Fusarium solani Escherichia coli C guillermondii Irpex lacteus Haemophilus influenzae C inconspicua Mucor circinelloides Haemophilus parainfluenzae C kefyr 2 indicus Mucor Klebsiella pneumoniae C lipolytica Mucor ramosissimus Legionella pneumophila C lusitaniae 3 Pichia pastoris Moraxella catarrhalis C norvegensis Pénicillium chrysogenum Mycobacterium tuberculosis C norvegica Pénicillium marneffei N Penicillium purpurogenum Penicillium purpurogenum Proteus mirabilis C rugosa 3 [CG / CK, CP] Penicillium citrinum Pseudomonas aeruginosa Pseudomescheria boydii Serratia marcescens Rhizopus microsporus Staphylococcus aureus Rhizopus oryzae Staphylococcus epidermidis Rhizopus pusillus Stenotrophomonas maltophila Trichosporon cutaneum 2 [CG / CK] Streptococcus pneumoniae Trichosporon mucoides Streptococcus pyogenes Yersinia enterocolitica Des essais PCR Candida ont été testés contre 7 espèces cibles, 12 espèces Candida non ciblées, 27 autres champignons et 28 bactéries. Sauf mention entre parenthèses, le nombre d’isolats testés était de 1 par organisme. Les espèces cibles de Candida ont été détectées par les tests indiqués. crochetsAbbreviations: CA, Candida albicans; CG, Candida glabrata; CK, Candida krusei; CP, complexe de Candida parapsilosis; CT, Candida tropicalisVoir Grand

Analyses statistiques

La sensibilité et la spécificité ont été calculées pour l’hémoculture, le BDG et la PCR. Le test McNemar χ2 a été utilisé pour comparer la sensibilité et la spécificité des tests [9] L’analyse univariée des données de contingence a été faite par χ2 ou test exact de Fisher

RÉSULTATS

PCR utilisant différents composants sanguins

Dans une étude préliminaire, nous avons réalisé des PCR sur des échantillons de sang total et de plasma de 21 patients avec IC et 27 témoins La réaction en chaîne de la polymérase était plus sensible à la détection de Candida dans le plasma que le sang total des patients avec IC 57% vs 12% [3 sur 21]; P = 008, et la spécificité était comparable à 81% [22 sur 27] vs 96% [26 sur 27]; P = 22 Ensuite, nous avons testé le plasma et les sérums de 16 patients avec IC et 15 contrôles Les échantillons de plasma et de sérum ne diffèrent pas dans la sensibilité 81% [13 sur 16] vs 75% [12 sur 16], respectivement; P = 10 ou spécificité 67% [10 sur 15] vs 73% [11 sur 15], respectivement; P = 10 Pour la suite de l’étude, la PCR a été réalisée sur des échantillons de plasma et / ou de sérum

Performance de PCR et BDG

Les patients avec IC avaient une candidémie n = 17, une candidose profonde n = 33, ou une candidémie et une candidose profonde n = 5 Tableau 2 Les infections intra-abdominales représentaient 89% 34 des 38 candidoses profondes Les contrôles incluaient 48 patients avec la colonisation de Candida Tableau 3, 5 avec œsophagite candidose muqueuse, n = 3; oropharyngée, n = 1; vaginite, n = 1 et 20 sans colonisation connue de Candida

Tableau 2 Caractéristiques démographiques des patients Patients avec IC n = 55 Contrôles n = 73 Troubles gastro-intestinaux sous-jacents 36% 20 14% 10 Syndrome de l’intestin court 7% 4 3% 2 Foie ou voies biliaires 5% 3 1% Obstruction intestinale 5% 3 4 % 3 Pancréatite 11% 6 4% 3 Troubles génito-urinaires sous-jacents 4% 2 1% 1 Accident traumatique / automobile 9% 5 14% 10 Immunosupprimés 22% 12 36% 26 Transplantation d’organes 20% 11 33% 24 Malignité 5% 3 12% 9 Chirurgie abdominale dans le mois suivant l’inscription 24% 13 8% 6 Chirurgie extra-abdominale dans le mois suivant l’inscription 5% 4 7% 5 Patients caractéristiques avec IC n = 55 Contrôles n = 73 Troubles gastro-intestinaux sous-jacents 36% 20 14% 10 -gut syndrome 7% 4 3% 2 Maladie du foie ou des voies biliaires 5% 3 1% 1 Obstruction de l’intestin grêle 5% 3 4% 3 Pancréatite 11% 6 4% 3 Troubles génito-urinaires sous-jacents 4% 2 1% 1 Accidents traumatiques % 5 14% 10 Immunosupprimés 22% 12 36% 26 Transplantation d’organes 20% 11 3 3% 24 Malignité 5% 3 12% 9 Chirurgie abdominale dans un mois suivant l’inscription 24% 13 8% 6 Chirurgie extra-abdominale dans le mois suivant l’inscription 5% 4 7% 5 Aucun des patients n’a eu de malignité hématologique ou de neutropénie à ce moment de la candidose invasive Cinquante-quatre pour cent 30 des 55 patients atteints de candidose invasive IC recevaient un agent antifongique au moment où le sang a été recueilli fluconazole, n = 20; échinocandine, n = 9; voriconazole, n = 1 Le temps médian entre le début du traitement antifongique et le prélèvement de l’échantillon était de 5 jours, 1-39aUne patiente atteinte d’IC ​​présentait à la fois une maladie du foie et une obstruction de l’intestin grêle.

Tableau 3Sites de Candida Colonisation Sites de colonisation Description Nombre Blessure n = 14 Blessure d’extrémité 7 Blessure abdominale 6 Plaie de joue 1 Voies respiratoires n = 14 Lavage bronchoalvéolaire 8 Crachats 6a Drain chirurgical à demeure n = 10 Jackson Pratt 4 Drain biliaire 4 Autre 2 Urine n = 9 Urine 6a Urine distale à la pierre pelvienne 2 Urine provenant d’un patient atteint d’hématurie 1 Autre n = 2 Extrémité du cathéter 1 Voie sinusoïdale 1 Sites de la colonisation Description Nombre Blessure n = 14 Blessure de l’extrémité 7 Blessure abdominale 6 Plaie de la joue 1 Voies respiratoires n = 14 Bronchoalvéolaire lavage 8 Sputum 6a Drain chirurgical à demeure n = 10 Jackson Pratt 4 Drain biliaire 4 Autre 2 Urine n = 9 Urine 6a Urine distale à la pierre pelvienne 2 Urine d’un patient hématurie 1 Autre n = 2 Extrémité du cathéter 1 Voie sinusale 1 aLe patient était colonisé à la fois dans les expectorations et dans les urines View LargeLes performances de la PCR et du BDG sont résumées dans le tableau 4. Tableau 5 Utilisation du seuil standard BDG pour le positivité ≥ 80 pmol / mL; résultat indéterminé = négatif, à la fois BDG et PCR étaient positifs pour 42% 23 sur 55 des patients avec IC et négatif pour 5% 3 sur 55 Tableau 6 Détails des patients avec des résultats faussement négatifs par les deux essais apparaissent dans le tableau 7 réaction en chaîne de polymérase positif et BDG négatif pour 38% 21 des 55 patients, et BDG était positif et PCR négatif pour 15% 8 de 55 La sensibilité d’un PCR ou BDG positif pour le diagnostic IC était de 95% 52 sur 55, et la spécificité était de 56% 41 sur 73

Tableau 4 Performances de la réaction en chaîne de la polymérase et dosages de 1,3-ß-d-glucane Essai Candidose invasive n = 55 Candidémie n = 22 Candidoses profondes, bn = 38 Candidose intra-abdominale n = 34 PCRc Sensibilité 80% 44/55 59 % 13/22 89% 34/38 88% 30/34 Spécificité 70% 51/73 BDG ​​positif ≥80 pmol / mL Sensibilité 56% 31/55 68% 15/22 53% 20/38 56% 19/34 Spécificité 73 % 53/73 BDG ​​positif ≥60 pmol / mL Sensibilité 69% 38/55 81% 18/22 66% 25/38 65% 22/34 Spécificité 63% 46/73 P évalué PCR vs BDG positif ≥80 pmol / mL 03 77 004 0015 PCR vs BDG positif ≥ 60 pmol / mL 31 23 04 06 Test Candidose invasive n = 55 Candidemia n = 22 Candidose profonde, bn = 38 Candidose Intra-abdominale n = 34 PCRc Sensibilité 80% 44/55 59% 13/22 89% 34/38 88% 30/34 Spécificité y 70% 51/73 BDG ​​positif ≥80 pmol / mL Sensibilité 56% 31/55 68% 15/22 53% 20/38 56% 19/34 Spécificité 73% 53/73 BDG ​​positif ≥60 pmol / mL Sensibilité 69% 38/55 81% 18/22 66% 25/38 65% 22/34 Spécificité 63% 46/73 P valeur PCR vs BDG positif ≥ 80 pmol / mL 03 77 004 0015 PCR vs BDG positif ≥ 60 pmol / mL 31 23 04 06 La détection du contrôle interne était positive pour tous les échantillons négatifs par PCR Le temps médian entre les cultures de diagnostic pour Candida et la collecte des échantillons pour PCR et BDG était de 4 jours intervalle interquartile: 1-6 joursAbbreviations: BDG, 1,3-β- Le D-glucane; La PCR, la réaction en chaîne de la polymérase et la candidose profonde comprenaient 5 patients qui présentaient ces deux affections. Les candidoses profondes incluaient des patients présentant des infections intra-abdominales et des infections d’autres sites osseux et des tissus environnants dévitalisés, n = 2; dispositif de rachis lombaire, n = 1; abcès crânien, n = 1cPCR était positif si le résultat positif a été obtenu sur le plasma et / ou les valeurs de seradP sont pour les sensibilités des tests respectifs, tel que déterminé par McNemar testView Large

Tableau 5 Effet de la thérapie antifongique sur la réaction en chaîne de la polymérase et dosage du 1,3-ß-d-glucane Essai de performance Candidose invasive n = 55 Candidemia n = 22 Candidoses profondes n = 38 Sensibilité à la PCR Sur traitement antifongique 77% 23/30 62% 10/16 83% 15/18 Sans traitement antifongique 84% 21/25 50% 3/6 95% 19/20 Valeur p 74 66 33 Sensibilité au BDGb Traitement antifongique 56% 17/30 58% 11/16 56% 10 / 18 Pas de traitement antifongique 73% 14/25 67% 4/6 50% 10/20 Valeur P 10 10 76 Sensibilité BDG Sur traitement antifongique 67% 20/30 81% 13/16 61% 11/18 Sans traitement antifongique 72% 18/25 83% 5/6 70% 14/20 Valeur P 77 10 73 Test Candidose invasive n = 55 Candidemia n = 22 Candidose profonde n = 38 Sensibilité PCR Sur traitement antifongique 77% 23/30 62% 10 / 16 83% 15/18 Pas de traitement antifongique 84% 2 1/25 50% 3/6 95% 19/20 Valeur p 74 66 33 Sensibilité au BDGb Traitement antifongique 56% 17/30 58% 11/16 56% 10/18 Sans traitement antifongique 73% 14/25 67% 4 / 6 50% 10/20 Valeur P 10 10 76 Sensibilité BDG Sur traitement antifongique 67% 20/30 81% 13/16 61% 11/18 Non traité par antifongique 72% 18/25 83% 5/6 70% 14 / 20 P valeur 77 10 73 Abréviations: BDG, 1,3-ß-D-glucane; La PCR, la réaction en chaîne de la polymérase et les candidoses profondes comprenaient 5 patients qui présentaient les deux conditions. BDG positif défini comme ≥80 pmol / mL indéterminé = négatif. BDG positif défini comme ≥60 pmol / mL indéterminé = positifVaste

Tableau 6: Accord entre la réaction en chaîne de la polymérase et les dosages de 1,3-ß-d-glucane, stratifiés par type de candidose invasive Candidose invasive Candidémie Infections intra-abdominales Autres résultats d’analyse des infections profondes Totala n = 55 Cultures sanguines, Cathéter seulement n = 3 Cultures sanguines, périphérique / – Cathéter n = 14 Cultures sanguines et intra-abdominales Positif n = 5 Cultures sanguines Négatif n = 20 Cultures sanguines non pratiquées n = 9 Cultures sanguines non pratiquées n = 4 PCR / BDGa 42% 23/55 0% 0/3 43% 6/14 40% 2/5 50% 10/20 44% 4/9 25% 1/4 PCR / BDG- 38% 21/55 0% 0/3 29% 4 / 14b 20% 1 / 5b 45% 9 / 20b 44% 4 / 9b 75% 3 / 4c PCR- / BDGa 15% 8/55 67% 2/3 21% 3/14 40% 2/5 5% 1/20 0% 0 / 9 0% 0/4 PCR- / BDG- 5% 3/55 33% 1/3 7% 1 / 14b 0% 0/5 0% 0/20 11% 1/9 0% 0/4 Candidose invasive Candidemia Intra Infections abdominales Autres infections profondes Résultats des tests Totala n = 55 Cultures sanguines, cathéter seulement n = 3 Cultures sanguines, périphérique / – Cathéter n = 14 Sang et cultures intra-abdominales Positif n = 5 Cultures sanguines Négatif n = 20 Cultures sanguines non pratiquées n = 9 Cultures sanguines non pratiquées n = 4 PCR / BDGa 42% 23/55 0% 0/3 43% 6 / 14 40% 2/5 50% 10/20 44% 4/9 25% 1/4 PCR / BDG- 38% 21/55 0% 0/3 29% 4 / 14b 20% 1 / 5b 45% 9 / 20b 44% 4 / 9b 75% 3 / 4c PCR- / BDGa 15% 8/55 67% 2/3 21% 3/14 40% 2/5 5% 1/20 0% 0/9 0% 0/4 PCR – / BDG- 5% 3/55 33% 1/3 7% 1 / 14b 0% 0/5 0% 0/20 11% 1/9 0% 0/4 Abréviations: BDG, 1,3-β-D -glucane; PCR, amplification en chaîne par polymérase, BDG positif défini ≥80 pmol / mL indéterminé = négatif Si le BDG positif était ≥60 pmol / mL indéterminé = positif, l’accord entre les essais chez les patients atteints de candidose invasive était le suivant: PCR / BDG 53%, 29 sur 55, PCR- / BDG- 4%, 2 sur 55, PCR / BDG- 27%, 15 sur 55 et PCR- / BGD 16%, 9 sur 55 La sensibilité et la spécificité d’un PCR positif ou BDG étaient 96% 53 de 55 et 47% 34 de 73, respectivementb Un patient avait un BDG dans la gamme indéterminée 60-79 pmol / mLcDeux patients avaient BDG dans la gamme indéterminée 60-79 pmol / mLView Large

Tableau 7Patients avec candidiadis invasive et résultats faussement négatifs à la fois par la réaction en chaîne de la polymérase et les dosages de 1,3-β-d-glucane Type de candidose invasive Espèce de Candida Résultat 1,3-β-D-glucane Traitement antifongique avant la collecte des échantillons Source de Candidose invasive Commentaires Candidemia C parapsilosis Indéterminé 62 pmol / mL Aucun Cathéter et cultures périphériques positives Cathéter enlevé avant le prélèvement de l’échantillon Candidemia C glabrata Négatif 36 pmol / mL Aucune Les cultures de cathéters associées uniquement au cathéter sont positives; cathéter négatif périphérique multiple prélevé avant la collecte de l’échantillon. Aucune hémoculture profonde. C albicans Négatif <31 pmol / mL Aucun Abcès intra-abdominal de l'ulcère peptique perforé Débridement chirurgical immédiat Type de candidose invasive Candida Espèce 1,3-β-D -Glucan Résultat Traitement antifongique avant la collecte de l'échantillon Source Candidose invasive Commentaires Candidémie C parapsilose Indéterminé 62 pmol / mL Aucun Cathéter et cultures périphériques positif Cathéter enlevé avant le prélèvement de l'échantillon Candidemia C glabrata Négatif 36 pmol / mL Aucun Cultures de cathéter associées uniquement au cathéter positives ; cathéter négatif périphérique multiple prélevé avant la collecte de l'échantillon. Aucune hémoculture profonde. C albicans Négatif <31 pmol / mL Aucun Abcès intra-abdominal de l'ulcère peptique perforé. Débridement chirurgical immédiat View Large

Comparaison de PCR et BDG avec des cultures de sang

Parmi les 24 patients atteints de candidose profonde chez qui des hémocultures ont été réalisées simultanément, la PCR 88% [21 sur 24] et le BDG 62% [15 sur 24] étaient plus sensibles que les hémocultures 17% [4 sur 24]; P = 0005 et P = 003, respectivement. Figure 1 Si les résultats BDG indéterminés étaient considérés comme positifs, la sensibilité était de 67% 16 sur 24; P = 002 vs hémoculture À chaque seuil de BDG, la sensibilité ne différait pas de PCR P = 15 et 23, respectivement

Figure 1Voir grand diagramme de DiapositiveVendues des sensibilités de la culture sanguine, de la réaction en chaîne par polymérase PCR, et des dosages de BDG 1,3-β-d-glucane chez les patients atteints de candidose profondeFigure 1View largeDownload slideVenn diagramme des sensibilités de la culture sanguine, PCR et dosage du BDG 1,3-β-d-glucane chez les patients atteints de candidose profonde Sur les 42 patients avec IC chez lesquels des hémocultures ont été obtenues, la sensibilité d’une PCR positive ou d’une hémoculture positive était de 98% 41 of 42 d’un BDG positif ou d’une hémoculture positive étaient de 79% 33 sur 42; indéterminé = négatif et 81% 34 sur 42; indéterminé = positif

Identification des espèces de candida par PCR et culture

Chez 82% 36 des 44 patients avec un résultat PCR positif, la PCR et la culture ont été identifiées ≥ 1 Espèce de Candida commune Tableau 8 Il y avait un accord complet de spéciation entre la PCR et la culture chez 45% 20 des 44 patients

Tableau 8 Spéciation de Candida par culture et réaction en chaîne de la polymérase Candida PCR Résultats Culture Résultats CA / CT CG / CK CA / CT et CG / CK CA / CT et CP CG / CK et CP CA / CT, CG / CK et CP Espèces uniques C albicans 10 2 … 2 1 5 C tropicalis 1 … … 1 … … C glabrata 4 7 4 … … 1 C parapsilose 1 … … … … 1 Espèces multiples C albicans et C tropicalis 1 … … … … … C albicans et C glabrata … 1 … … … … C albicans et C krusei … 1 … … … C tropicalis et C glabrata 1 … … … … … Candida PCR Résultats Culture Résultats CA / CT CG / CK CA / CT et CG / CK CA / CT et CP CG / CK et CP CA / CT, CG / CK et CP Espèce unique C albicans 10 2 … 2 1 5 C tropicalis 1 … … 1 … … C glabrata 4 7 4 … … 1 C parapsilosis 1 … … … … 1 Espèces multiples C albicans et C tropicalis 1 … … … … … C albicans et C glabrata … 1 … … … … C albicans et C krusei … … 1 … … … C tropicalis et C glabrata 1 … … … … … Les nombres dans le tableau sont les nombres d’isolats de Candida montrant un modèle particulier de spéciation par les 2 méthodes. Il y avait un accord complet dans la spéciation entre PCR et culture pour 45% 20/44 des patients et un désaccord complet pour 18% 8/44 des patients PCR ont identifié plusieurs ensembles d’espèces dans 36% 16/44 des patients, alors que la culture a révélé plusieurs espèces dans 9% 4/44; P = 01, test exact de FisherAbbreviations: CA, Candida albicans; CG, Candida glabrata; CK, Candida krusei; CP, Candida parapsilosis; CT, Candida tropicalis; PCR, réaction en chaîne de la polyméraseView Large

DISCUSSION

La PCR et la BDG dans cette étude sont probablement plus faibles que dans la plupart des cliniques, en raison de la composition de notre groupe témoin. Soixante-quinze pour cent des témoins ont été colonisés par Candida ou avaient une candidose muqueuse, 36% ont été immunodéprimés et presque la moitié À titre d’exemple, 1 cas de candidose œsophagienne sévère a été diagnostiqué avec un test PCR positif après une endoscopie pour hématémèse. Il est plausible qu’une perturbation étendue de la muqueuse ait été tolérée dans plusieurs cas. Les cellules Candida ou ADN, qui n’ont pas été détectées par les hémocultures en raison de leur faible sensibilité et / ou de l’effet du traitement antifongique, pénètrent dans la circulation sanguine. La colonisation est généralement considérée comme le principal facteur limitant la spécificité de la PCR. a étudié la question de la candidose. Dans une méta-analyse récente, il y avait une tendance à la baisse Les résultats de BDG faussement positifs ont également été attribués à la colonisation par Candida, aux infections bactériennes systémiques, aux antibiotiques, aux membranes cellulosiques utilisées pendant l’hémodialyse et à la gaze de coton et aux éponges [25]. BDG à la limite inférieure de positivité ≥60 pmol / mL était seulement de 50% chez les patients colonisés, ce qui peut limiter l’utilité de cette coupure. Un avantage possible de la PCR sur BDG est la capacité de spéciation Le test PCR utilisé dans cette étude a été conçu pour distinguer Espèces sensibles au fluconazole C albicans et C tropicalis provenant d’espèces intrinsèquement ou potentiellement résistantes C krusei et C glabrata et C parapsilosis, qui démontrent souvent une sensibilité réduite à l’échinocandine Globalement, la spéciation par culture et PCR spécifique aux espèces est en accord chez 82% des patients. plusieurs explications possibles des désaccords dans les cas restants Premièrement, la spéciation de la PCR peut être incorrecte Dans la plupart des cas, Nous ne pensons pas que ce fut le cas parce qu’il n’y avait pas d’erreur dans les essais préliminaires Tableau 1 Deuxièmement, la spéciation dans notre laboratoire clinique peut être incorrecte En effet, des études de laboratoires cliniques ont indiqué que les espèces Candida ont été mal identifiées dans 8% -15 % des échantillons [26-29] Troisièmement, le laboratoire clinique peut avoir manqué des cas causés par plusieurs espèces Nous avons trouvé que 2 espèces ont été identifiées dans 5% des hémocultures, ce qui est conforme aux taux d’au moins 4% rapportés dans la littérature [ 30, 31] Dans le même temps, la PCR a identifié au moins 2 espèces dans 36% des échantillons, suggérant que le laboratoire clinique pourrait ne pas avoir isolé des colonies uniques pour la spéciation. car il est possible qu’une espèce de Candida infectante particulière ne soit plus dans la circulation. Enfin, de nombreuses cultures ont été réalisées sur des échantillons en profondeur, alors que la PCR a été réalisée sur des Les différentes espèces peuvent avoir été présentes sur différents sites Si la culture et la PCR donnent des résultats discordants dans la pratique clinique, le plus sage est de traiter comme si les espèces les plus résistantes étaient présentes à cet égard. identifier d’abord les albicanes C et la PCR identifiant C glabrata ou C kruseiIl est important de reconnaître les limites de notre étude Premièrement, les tests PCR et BDG ont été réalisés par lots sur des échantillons congelés. Nous ne pouvons donc exclure que certains résultats négatifs puissent découler de l’instabilité de l’échantillon. l’utilisation antifongique n’a pas eu d’impact sur la performance de la PCR ou BDG, mais la majorité des patients ont reçu un azole. Ainsi, nous n’avons pas pu évaluer l’impact potentiel de l’inhibition de la synthèse du BDG par les échinocandines sur la performance du test BDG. la candidose muqueuse était petite; La spécificité de la PCR et du BDG dans cette population nécessite une étude plus approfondie Quatrièmement, le sang pour le BDG et la PCR a été obtenu après confirmation du diagnostic par culture et à un moment seulement, ce qui excluait l’évaluation des tests de dépistage des maladies. En conclusion, nous avons démontré que la PCR Candida et, dans une moindre mesure, le test BDG amélioraient significativement la capacité des hémocultures à diagnostiquer IC As. Pour tous les tests de diagnostic, les meilleurs résultats seront obtenus. obtenus si PCR et BDG sont limités à des situations dans lesquelles il y a une probabilité raisonnable de IC Employés judicieusement, ces essais peuvent identifier une large population de patients atteints de candidoses profondes non détectées par des hémocultures. Si nos résultats sont validés dans d’autres études , les résultats auront un impact majeur sur le traitement de IC, notre compréhension de sa pathogenèse, et la conception des essais cliniques Fol Des études de haut niveau visant à évaluer l’impact de la PCR et du BDG de Candida sur le diagnostic, le traitement et les résultats de la CI sont indiquées.

Remarques

Remerciements

Les auteurs remercient Diana Pakstis, Dawn Bordonaro, Traci McGaha et Charma Chaussard pour leur dévouement et leur aide dans ce projet.

Aide financière

Ce travail a été soutenu par une subvention de recherche initiée par un chercheur de Viracor-IBT Laboratories à M H N

Conflits d’intérêts potentiels

MCW, MAS, RMS et SBK sont employés de Viracor-IBT Laboratories MHN a reçu un financement de recherche de Viracor-IBT Laboratories et une subvention de Pfizer, Merck, CSL Behring et Biotherapies for Life FPS a reçu un financement de recherche de Pfizer et CSL Behring CJC a reçu un financement de recherche de Pfizer, Merck et AstraZeneca RKS a reçu un financement de Pfizer et Merck Tous les autres auteurs: aucun conflitTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels Conflits d’intérêts que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu de la manuscrit ont été divulgués